Не бойся собаки, что лает, а бойся той, что молчит.

А мне кажется, смысл в другом. .
Намного страшнее той собаки, которая дает знать о себе (своей дурности) , собака, о недоброжелательности которой мы и не подозреваем. Такой человек себе на уме и способен на подлость. Пословица ,,Не бойся собаки, которая лает, а бойся, той которая молчит" означает то что бояться нужно не того, кто предупреждает о нападении, пусть даже пытаясь напугать, а того, кто может это сделать без предупреждения.
Не бойся собаки, что лает, а бойся той, что молчит (да хвостом виляет).
Опасайся не тех, кто прям и честен, а тех, кто скрытен и действует исподтишка.

В первом случае . поговорка, про собак . там всё ясно. ,,Собака которая лает, не кусается,, то же самое.

Во втором варианте посложней и не про собак, если вы ждете от врага нападения и нападение как то будет ожидаемым и вы не удивитесь и может подготовитесь, то тот кто рядом и претворяется вашим другом может нанести удар в спину, а это согласитесь подлее и коварней открытого врага.