Наверное, есть и другие спорные моменты, о которых я не знаю.
1) В составе российской Юго-Восточной жд на Главном Ходу "Москва - Ростов" на границе с Ростовской областью (Северо-Кавказская жд) есть станция Зориновка, входящая в состав Украины. Прилагаю карту.
Чтобы жд шла по России, необходимо будет делать обвод Главного Хода, это не менее 100 км полотна.

2) Есть также спорная территория в несколько десятков кв. км между Белгородской областью (Россия) и Харьковской (Украина).
Её принадлежность (или статус) тоже надо решать переговорно.